Die Phantomdiebe feiern ihren Sieg über Kaneshiro bei einem Feuerwerksfest. Doch die Freude hält nicht lange an, denn die internationale Hackergruppe Medjed hat es auf die Streiter für die Gerechtigkeit abgesehen. Daraufhin wird Akira von einer mysteriösen Person namens Alibaba kontaktiert, welche seine Identität als Phantomdieb enttarnt hat. Außerdem behauptet sie, der Gruppe helfen zu können – wenn die Phantomdiebe das Herz einer bestimmten Person stehlen ...
Auf der Phan-Site verdichten sich die Hinweise, dass Madarame seinen Ruhm mit kriminellen Methoden erschlichen hat. Akira, Ryuji und Ann versuchen, aus Madarames Schüler Yusuke mehr Informationen herauszubekommen und besuchen ihn zu Hause. Doch als Morgana sich ins Innere des Hauses schleicht, bekommt er eine deutlich gefährlichere Seite des Künstlers zu spüren ...
Eigentlich wollte Akira Kurusu nur einer Frau in Not helfen, doch stattdessen wird ihm eine Straftat angehängt, die er nie begangen hat. Als vorbestrafter Jugendlicher muss er an die Shujin-Akademie im Herzen Tokyos wechseln. Doch dort gehen seltsame Dinge vor sich, und schon bald findet er sich statt an seiner neuen Schule in einem mysteriösen Schloss wieder! Als er dort in die Gefangenschaft seines durchtriebenen Lehrers Kamoshida gerät, erwacht die Kraft der Rebellion in Akira und verleiht ihm ungeahnte Kräfte!
Ryuji und Akira erfahren, dass sie bei Kamoshida nur einen Sinneswandel herbeiführen können, indem sie dessen Begierden in Form eines Schatzes aus seinem Palast stehlen. Doch um diesen zu materialisieren, müssen sie ihre Tat in der Wirklichkeit ankündigen. Denn nur auf diese Weise wird sein Unterbewusstsein in Alarmbereitschaft versetzt. Als sie zurückkehren, um sich dem sadistischen Lehrer zu stellen, verschlägt es auch Ann in Kamoshidas verzerrte Realität ...