Les Mascrapules élaborent un plan pour voler le cristal des Pyjamasques. Ils imaginent qu'il est magique mais sont bien déçus lorsqu'ils s'aperçoivent que le cristal ne possède aucun pouvoir particulier...
Les Pyjamasques sont en bien mauvaise posture ! Ligotés par les bandelettes de la momie d'Apophis le serpent, les trois enfants rêvent qu'ils joueront éternellement dans une nuit infinie. Au coeur de ce profond sommeil, les animaux totems leur apparaissent : ils doivent se réveiller, au moins pour retourner à l'école ! Quand ils reviennent à eux, il est trop tard : Bastet se fait engloutir par le terrible serpent. Nos trois héros parviendront-ils à déjouer ses plans ?
C'est la nuit, pourtant les Pyjamasques vont à l'école. Et, c'est une classe bien étrange, une classe remplie de petits héros nocturnes ! Sont présents les Mascrapules, Lilifée... Le professeur Energuman commence par leur montrer des gadgets. À ce moment-là, arrive Roméo qui veut transformer l'école pour en faire son laboratoire ! Heureusement, Pyjamasques et Mascrapules s'associent et, malgré leurs divergences, parviennent à contrer Roméo.
Une légende raconte que chaque enfant est relié à un animal-totem et que la nuit, ces animaux apparaissent en rêve aux enfants pour leur donner des dons magiques. Un jour, Sorceline la sorcière, décida de s’emparer de leurs pouvoirs. Elle captura, dans un épais nuage d’insectes, tous les animaux-totems. Les enfants finirent par les oublier jusqu’à même ne plus rêver. Cependant, une nuit, trois animaux-totems s’échappèrent du nuage d’insectes ! Ils promirent de revenir avec de «valeureux héros» pour libérer tout le monde. Sorceline, furieuse, les frappa de ses éclairs... Ils arrivèrent à fuir jusqu’à la Terre et tombèrent «de nos jours» sur trois jeunes enfants ! Ni les plus forts, ni les plus courageux, peut-être même les plus maladroits, mais sûrement les plus sympas. Alors, les animaux-totems les transformèrent en Pyjamasques !
«Zéro pointé» ! C'est la note dont Roméo Mécano a écopé aujourd'hui à l'école pour n'avoir pas su réciter sa poésie devant la classe. C'est certain, Roméo n'a rien d'un poète, il est même plutôt du genre rancunier. Il va le démontrer encore cette nuit en construisant un robot gigantesque bardé d'innombrables gadgets destinés à... démolir son école ! Rien que ça... Heureusement, les Pyjamasques sont là pour tenter de l'empêcher de mener à bien son projet !
Tremblez «méchants de la nuit» car les Pyjamasques sont de sortie ! Seulement, cette nuit, pas le moindre vilain à l'horizon. Tout le monde dort. Désœuvrés, nos justiciers partent à la recherche d'un ennemi et découvrent un robot-blizzard, en danger de décongélation. Ils ont enfin leur méchant ! Le trio met la machine en route, machine qui, très vite, s'avère incontrôlable.
Cette nuit Bibou, après avoir vu une étrange créature marine, appelle à la rescousse ses amis Yoyo et Gluglu. Mais voilà que débarque, sans crier gare, Energuman, une force de la nature dont l'activité principale est d'être " Super-héros-justicier 7 jours sur 7, 24 heures sur 24 ", toujours prêt à attaquer. Sur de lui et dominateur, il tient à apprendre son métier à ces Pyjamasques aventureux. Il semblerait cependant que la règle n°1 d'Energuman soit de foncer tête baissée. Les Pyjamasques auront un mal fou à lui démontrer que l'étrange créature est bien inoffensive. Arriveront-ils, aussi, à lui apprendre qu'il vaut mieux réfléchir avant d'agir ?
Alors que Gluglu est puni pour avoir bavardé en classe, une nuée de pies voleuses s'empare de tous les livres de l'école. Intrigués, les Pyjamasques enquêtent et découvrent que les oiseaux obéissent à une drôle de sorcière, Magistère, qui a ordonné à ses troupes de réécrire tous les livres volés avant l'aube...
Yoyo n'a pas rangé sa chambre contrairement à ce qu'il avait promis à ses parents... trop pressé de rejoindre Gluglu et Bibou, les deux autres pyjamasques. C'est alors qu'une étrange créature faite de bouts de vêtements cousus de fils blancs sort du placard, en grignotant une chaussette.... Au pays des pyjamasques, les petits mensonges font un gros monstre !
Pendant une nuit étrangement longue, les Pyjamasques tombent nez à nez avec Sablotin, le fils du marchand de sable, qui clame avoir endormi le monde entier pour toujours.
