Ústřední částí výstavního projektu Svět tajemných Baltů jsou historická témata sledující dějinný vývoj geografického prostoru Pobaltí v 5.–16. století. Téma výstavy je rozděleno do osmi hlavních kapitol. První dvě, Cesty dávných bohů a V kmenových společenstvích, přibližují etnogenezi baltských a ugrofinských kmenů (včetně vlivů vikinské expanze), jejich hmotnou kulturu, život i mytologii před přijetím křesťanství v raně historickém období. Kapitola Christianizace křížem i mečem hodnotí křesťanské misie sv. Vojtěcha a sv. Bruna z Querfurtu, význam pruských biskupství, misijní činnost po pokřtění Litvy i úlohu českých panovníků Přemysla Otakara II., Jana Lucemburského a Karla IV. v rámci dlouhého christianizačního procesu Baltů. Nepopiratelný význam námořního hanzovního obchodu pro rozvoj sledovaného území je zhodnocen v části příznačně nazvané Pod plachtami za obchodem. Úloze mocného středoevropského litevského státu, respektive Velkoknížectví litevského ve 13.–15. století a polsko-litevské unie v rámci evropských politických, náboženských a kulturních dějin je pozornost věnována v oddílu Litva mezi Cařihradem a Římem. Následující dvě části, Na území řádu a Na poli grunwaldském, reflektují témata činnosti řádu německých rytířů v Pobaltí (včetně sledování jejich zázemí v Čechách a na Moravě), účasti husitských vojsk i důsledky bitvy u Grunwaldu (Tannenbergu). Závěr výstavy nazvaný stručně Jagellonci přibližuje společné dějiny středoevropských zemí i baltského prostoru v rámci jednoho kulturně-politického a dynastického celku. Částečně souběžný anglický a německý text. Částečně přeloženo z němčiny a litevštiny.
