Pokémon: Rubin und Saphir (auf Englisch Teil der Reihe Pokémon Adventures) spielt in der Hoenn-Region und begleitet den selbstbewussten Koordinator Rubin sowie die kämpferische Trainerin Saphir, die eine Wette eingehen, ihre jeweiligen Ziele innerhalb von 80 Tagen zu erreichen. Während sie zunächst ihre eigenen Ambitionen verfolgen, geraten sie in den Konflikt zwischen Team Magma und Team Aqua, die Groudon und Kyogre erwecken wollen.
Ein neues Abenteuer beginnt! Rubin, ein Junge, der sich nur dafür interessiert, mit seinen Pokemon alle Wettbewerbe zu gewinnen, lernt das Mädchen Saphir kennen, das sich vorgenommen hat, alle Arenaleiter der Hoenn-Region zu besiegen. Die beiden schließen eine Wette ab: Wer sein Ziel zuerst erreicht, sichert sich den Respekt des anderen. Doch kaum beginnt der Wettlauf, schon überschlagen sich die Ereignisse...
In 80 Tagen um die Hoenn-Region! Rubin, der das Ziel verfolgt, alle Pokemon-Wettbewerbe zu gewinnen, und Saphir, die alle Arenaleiter besiegen will, brechen zu ihrem großen Abenteuer auf! Doch es dauert nicht lange, bis beide jeweils Bekanntschaft mit dunklen Kräfte machen, die für die Verwirklichung ihrer Pläne nicht vor Verbrechen zurückschrecken...
„Ich will alle Pokemon-Wettbewerbe gewinnen!“ - Mit wilder Entschlossenheit bricht Rubin auf, doch sein Vater Norman stellt ein kaum überwindbares Hindernis für ihn dar! Währenddessen steht bei Saphir eine erneute, kampfreiche Begegnung mit Team Aqua an, das mit der Umsetzung eines für die gesamte Hoenn-Region bedrohlichen Plans begonnen hat...!
Der Vulkan Schlotberg ist erloschen! Das Gleichgewicht der Natur in der Hoenn-Region gerät immer rnehr aus den Fugen, was sich zunehmend auf das Leben der Menschen auswirkt! Schlißelich versammeln sich die Arenaleiter, um Gegenmaßnahmen zu ergreifen...!
Während zwischen Rubin und Saphir ein heftiger Streit entbrennt, nimmt die Lage in der Hoenn-Region immer bedrohlichere Ausmaße an: Mittlerweile haben sich nämlich Team Magma und Team Aqua verbünet, um die beiden urzeitlichen Pokemon wiederzuerwecken! Ob es den beiden Streithähnen gelingt, ihre Differenzen beizulegen und die Schurken aufzuhalten...?!
Rubin, Saphir und die Arenaleiter stehen Kyogre und Groudon gegenüber. Doch die zerstörerischen Kräfte der beiden Pokemon übersteigen jede Vorstellungskraft und drohen die gesamte Hoenn-Region zu vernichten. Die Lage spitzt sich unaufhaltsam zu!!
Der Schauplatz des entscheidenden Kampfs ist Xeneroville: Die beiden verfeindeten urzeitlichen Pokémon treffen aufeinander und setzen eine gewaltige Energie frei, welche die gesamte Hoenn-Region zu verwüsten droht! Rubin und Saphir schicken sich an, den Kampf der zerstörten Wesen zu beenden, doch ihr Weg führt zunächst zu einer eigenartigen Insel namens Wundereiland...
