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Dorothea Helmer

    Synthesis and test of peptides and peptoids for the inhibition of cytokines
    • Die vorliegende Arbeit beschreibt die Identifizierung und Charakterisierung von Chemokin-bindenden Strukturen aus Peptiden und Peptoiden. Im ersten Teil wurde durch flexibles Protein-Protein Docking ein Modell des Rezeptor-Ligand-Komplexes des Chemokins CXCL8 mit seinem Rezeptor CXCR1 entwickelt. Dieses Modell bestätigte die Wechselwirkung zwischen dem ELR-Motiv von CXCL8 und den extrazellulären Domänen von CXCR1, wie zuvor in der Literatur vorgeschlagen. Auf Basis dieses Modells wurde ein Peptid entworfen, das aus zwei Ausschnitten der CXCR1-Sequenz besteht und CXCL8 mit einer Affinität von 500 nM bindet. Dieses Peptid inhibiert die durch CXCL8 induzierte Migration von humanen neutrophilen Granulozyten. Im zweiten Teil der Arbeit wurden one-bead-one-compound (OBOC) Bibliotheken von Peptoiden auf TentaGel-Harz systematisch auf ihre Bindungsfähigkeit an fluoreszenzmarkiertes CXCL8 untersucht. Durch die Optimierung der Screening-Parameter und die Analyse von fluoreszenzmikroskopisch erhaltenen Mischkanalbildern konnten 18 Peptoidsequenzen identifiziert werden, die CXCL8 mit mikromolaren Affinitäten binden.

      Synthesis and test of peptides and peptoids for the inhibition of cytokines